Nik Abdullah merupakan anak kepada Tuan Guru Haji Abdullah (Arshad) bin Tahir (1875-1942). Ayah beliau dikenali dengan gelaran Tok Ayah Kedah[1]. Nik Abdullah mendirikan rumah tangga dengan Tengku Chik binti Tengku Ibrahim yang merupakan sepupu kepada pemimpin UMNO, Tengku Razaliegh Hamzah. Perkahwinan mereka dikurniakan 12 orang anak, antaranya Mohd Amar Nik Abdullah (Timbalan Menteri Besar Kelantan), dan Wahidah Nik Abdullah (Isteri kepada Dr Muhammad Md Daud, mantan ADUN Tendong).